El 22 de junio de 2012 el presidente Fernando Lugo era destituido por el Congreso de Paraguay luego de un juicio político exprés en que se lo condenaba por "mal desempeño de sus funciones". La masacre de Curuguaty, en la que el 15 de junio de eso año fallecieron 11 campesinos y 6 policías, fue el hecho que detonó el proceso destituyente, aunque el gobierno del exobispo ya venía siendo amenazado desde antes, sobre todo luego de haber impulsado una mensura en el distrito de Ñacunday, departamento de Alto Paraná, en tierras que se encontraban explotadas presuntamente de forma irregular por el terrateniente brasileño Tranquilo Favero.
Tras la destitución, asumió el entonces vicepresidente, el liberal Federico Franco, quien abrió una línea de gobierno que sería profundizado por el actual mandatario, Horacio Cartes, con el creciente endeudamiento a través de los "bonos soberanos" y la acelerada y secretista liberación de eventos transgénicos sin seguir los protocolos establecidos en la ley. Su gestión terminó como una de las más impopulares de la llamada "transición democrática" y golpeada por múltiples escándalos de corrupción.
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Si bien la institucionalidad de la República parece haber retornado a su curso –fundamentalmente por la participación de exponentes del gobierno de Lugo en las elecciones del 21 de abril de 2013 en las que resultó ganador el actual presidente–, las secuelas de golpe se siguen manifestando con un gobierno que ha acumulado poderes inconstitucionales y que ha profundizado el patrón represivo contra los grupos organizados, incluyendo a estudiantes secundarios que ahora se encuentran imputados y procesados por "perturbación de la paz pública" a raíz de una manifestación realizada en octubre 2014 pidiendo una entrevista con la ministra de Educación, Marta Lafuente, y en la que pidieron mayor presupuesto para el sector.