Después de ocupar durante un año su banca como senador del Frente para la Victoria y un breve paso por la Secretaria General de la Presidencia, en reemplazo de Oscar Parrilli, , Aníbal Fernández vuelve a un cargo que conoce bien: la jefatura de Gabinete.
Abogado y contador público de profesión, Fernández inició su carrera en política con el retorno de la democracia pero obtuvo su primer cargo ejecutivo en 1991 como intendente de Quilmes. En 1997 acompañó al entonces gobernador de la provincia de Buenos Aires, Eduardo Duhalde, desde la Secretaría de Gobierno y en 1999 reportó a Carlos Ruckauf desde el Ministerio de Trabajo bonaerense.
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A nivel nacional, con Duhalde como presidente, se desempeñó como Secretario general de la presidencia y posteriormente como ministro de la Producción. Un año más tarde, durante las elecciones que consagraron a Néstor Kirchner como presidente, fue electo diputado nacional pero renunció para hacerse cargo del Ministerio del Interior. Distanciado de Duhalde, fiel al kirchnerismo, alguna vez se consideró "duhaldista portador sano".
Con Cristina Kirchnercomo presidenta aceptó ser ministro de Justicia, Seguridad y Derechos Humanos hasta que la derrota electoral en las legislativas de junio de 2009 forzaron un recambio y Fernández asumió en lugar de Sergio Massa en la Jefatura de Gabinete.
En diciembre de 2014 fue designado en la secretaría General de la Presidencia, en un enroque de piezas que incluyó el descabezamiento de la Secretaría de Inteligencia y el nombramiento de Oscar Parrilli al frente. Parrilli tomó la decisión de desplazar a Antonio Stiuso, quien poco tiempo después estaría en boca de todos. Aníbal Fernández fue uno de los puntales principales dentro de los equipos presidenciales tanto de Néstor Kirchner como de Cristina Kirchner.