Como su hermano, el famoso ilustrador e historietista Fernand (Fernando Fernández Eyré), Carlos inició su carrera en las trincheras de la editorial Láinez a mediados de los años 40s. En esta editorial colaboró en las revistas Narraciones y en Tit-Bits donde realizó historietas e innumerables portadas. 
Para Láinez, ya a principios de los 50s, colaboró en la serie «El Zorro» (personaje a medio camino entre El Zorro y El llanero Solitario) que, durante muchos años, fue el plato principal de la revista El Gorrión.
Eyré también tuvo una exitosa carrera dentro de la editorial Columba donde realizó historietas como Guzmán el bravo o la futbolística Como el vuelo de la paloma.