Finalmente, el gobierno bonaerense acató la orden judicial de desalojar la toma de Guernica tras varias postergaciones solicitadas por la administración de Axel Kicillof. El desalojo del predio se produjo en medio de fuertes choques entre la Policía y grupos de personas que terminaron con efectivos heridos y varios detenidos. El juez Martín Rizzo determinó en plena madrugada el retiro de las familias que permanecían en la toma.
En el predio, el gobierno bonaerense había instalado una "mesa interministerial" integrada por la cartera de Desarrollo y varias secretarías, de Salud, de Derechos Humanos, de Economía Social, de Mujer, Diversidad y Género, la Defensoría del Pueblo bonaerense, ANSES y el Ministerio del Interior. Durante más de un mes se habían realizado tareas sociales mientras se negociaba el abandono del predio. La mayoría de las familias había acordado con el gobierno provincial la salida pacífica y el traslado de las viviendas.
Tras la orden de desalojo, la ministra de Gobierno bonaerense, Teresa García, afirmó que el gobierno y las fuerzas de seguridad "cumplieron con la orden judicial" pese a los intentos de postergar la medida. "Quedaban personas en el predio y el fiscal no accedió", sostuvo la funcionaria en declaraciones a El Destape Radio.
A su vez, García señaló que ante el inminente desalojo, el ministro de Desarrollo de la Comunidad Andrés Larroque aceleró la firma de acuerdos con las personas que permanecían en el predio para minimizar los riesgos. “Hay que reivindicar el esfuerzo que hizo el gobierno para solucionar el tema”, aseguró García. Fuentes vinculadas con el operativo señalaron que la mayoría de las familias había abandonado el lugar tras el acuerdo con el gobierno y que solamente quedaba en la toma un grupo minoritario y organizado por movimientos de izquierda.
Los responsables del desalojo indicaron que el balance del operativo fue positivo ya que fue "efectivo y rápido" y sin una cantidad importante de heridos. De hecho, las personas aprehendidas se encuentran en buen estado de salud.
En medio de la pandemia por el coronavirus, desde que se inició el trabajo interministerial en Guernica no hubo ningún contagio de COVID-19 ni entre los efectores sociales ni entre los habitantes del predio.
Si bien los primeros días la atención estuvo focalizada en las familias que estaban en la toma de terrenos y en lograr soluciones habitacionales, las siguientes jornadas sirvieron para asistir a la población del partido de Presidente Perón. Alrededor de 103 mil personas viven en el distrito y los programas más consultados varían entre tramitarse el DNI, completar el calendario de vacunación y programas asistenciales para las mujeres que son víctimas de violencia de género.