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Una de las causas está en manos de la justicia de Tucumán, en donde Milani es investigado por supuesta complicidad con la desaparición del conscripto Alberto Ledo, ocurrida en esa provincia en junio de 1976. A Milani se lo acusa de falsificar un acta mediante la cual se intentó hacer pasar que Ledo desertó del Batallón de Ingenieros en Construcciones 141 de La Rioja, desplegado en la ciudad tucumana de Famaillá.
En esa causa el fiscal federal Carlos Brito pidió la indagatoria y la misma fue rechazada por el momento por le juez Daniel Bejas, aunque se lo sigue investigando. La otra denuncia por presunta violación a los derechos humanos durante la última dictadura se le sigue a Milani en La Rioja, donde el Jefe del Ejército es acusado por el secuestro, detención y torturas de Pedro y Ramón Olivera en 1977.
El CELS, querellante en esa causa, criticó al fiscal Michel Horacio Salman. En la Capital Federal, el juez Daniel Rafecas sigue adelante con una investigación por presunto enriquecimiento ilícito en contra de Milani, a raíz del crecimiento en su patrimonio. En esta última investigación y por pedido del fiscal federal Jorge Di Lello se está llevando a cabo un peritaje contable que determinará la suerte de Milani.