El fallo de la Cámara Federal, que desestimó la denuncia de Nisman, generó un fuerte impacto en la oposición. Desde distintos sectores ajenos al kirchnerismo expresaron que "lamentan" la resolución contra la acusación del fallecido fiscal y cuestionaron la resolución.
Desde el PRO, los diputados nacionales Federico Pinedo, Laura Alonso y Patricia Bullrich expusieron su malestar. "Lamento que la Cámara deje a los argentinos sin una investigación", afirmó Pinedo en un comunicado, donde también apuntó que "el encubrimiento se refiere a que alguien ayudó a un potencial delincuente a evadir la justicia, y esto era lo que se tenía que investigar".
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Para el jefe de bloque del PRO en la Cámara Baja, "en este caso hay indicios de que algo pasó" y subrayó que "existen pruebas posteriores a la resolución de (el juez federal Daniel) Rafecas, como por ejemplo las declaraciones de exfuncionarios venezolanos", en referencia a un artículo periodístico publicado en la revista brasileña Veja.
Por su parte, Bullrich se preguntó si "luego de la decisión de la Cámara Federal la nueva Unidad AMIA desestimará la investigación sobre los iraníes". "¡Ya se sabía todo! Muere Nisman, ¿y ahora cómo seguirá la Causa?", se quejó la diputada nacional y añadió: "Solo de la mano de una Justicia sin interferencias llegará la verdad y la justicia y se terminará con la impunidad".
Laura Alonso, a su vez, consideró que "hay una decisión explícita de no investigar" las acusaciones por presunto encubrimiento de la pista iraní en la investigación por el atentado a la AMIA. En declaraciones al portal Perfil.com, Alonso señaló que "los argumentos técnicos no son suficientes para satisfacer el derecho a la verdad que tiene la sociedad", y agregó que "se ha puesto en juego la reputación del Poder Judicial".
Luego, en su cuenta personal de Twitter, bramó: "Cómo duele la Argentina de la impunidad, carajo (sic). Abren una investigación si denunciás ruidos molestos pero la denuncia de Nisman no merece ser investigada. En fin".
Desde el Gen, su referente Margarita Stolbizer, dijo sentirse "alarmada" por el fallo de la Cámara. "Me alarma un poco el fallo de hoy", dijo la diputada nacional en una entrevista al canal Todo Noticias. Según la legisladora de Frente Amplio y precandidata a presidente, "es imposible no prestar atención a esto, tiene mucho que ver con el fallo de hoy" dijo sobre la publicación de Veja. "Me llama la atención que se pretenda cerrar una causa sin siquiera haberla abierto", advirtió.
Stolbizer opinó que "ante un hecho de gravedad institucional" como el denunciado por Nisman, "ameritaba abrir la causa", y respaldó el voto en disidencia del camarista Eduardo Farah. Para la precandidata opositora, "estamos frente a tantas evidencias" que echan por tierra el argumento de Jorge Ballestero, de que no hubo principio de ejecución del presunto delito. "Judicialmente y penalmente, hay demasiados hechos concretos como para que no se inicie una investigación", enfatizó.