Gustavo Alfaro no continuaría como entrenador de la Selección de Ecuador luego de lo que fue su muy buen paso por el equipo. A pesar de que no lograron la clasificación a los octavos de final del Mundial, los dirigidos por el "Profe" hicieron una fase de grupos positiva y mostró un nivel interesante. Esto se sumó a lo hecho en las Eliminatorias, donde la "Tri" terminó en el cuarto lugar y se metió directamente en la Copa del Mundo.
El triunfo logrado ante Qatar en el debut del torneo internacional fue uno de los grandes pasos que dio el Seleccionado y el segundo fue el empate ante Países Bajos. Sin embargo, la derrota ante Senegal marcó el final de su participación en el certamen en el que tenían serias chances de pasar de ronda. Varias semanas después, trascendió que el ex técnico de Boca Juniors no llegó a un arreglo con la Federación Ecuatoriana de Fútbol y se terminó el vínculo. La entidad todavía no lo comunicó de manera oficial.
En total, Gustavo Alfaro dirigió 35 partidos al frente de Ecuador, de los cuales cosechó 12 victorias, 14 empates y 9 derrotas (47,6% de efectividad). Al margen de esto último, lo mejor se vio en el Mundial con Enner Valencia como gran figura. El ciclo comenzó en agosto del 2020 y el último encuentro que comandó fue ante el combinado senegalés en la derrota por 2 a 1.
Al parecer, el técnico tomó la decisión de no renovar su contrato por diferencias económicas con el mandamás de la FEF, Francisco Egas. De esta manera, el estratega sumó un nuevo equipo a su larga lista entre todos los que trabajó: Atlético de Rafaela, Patronato, Quilmes, Belgrano, Olimpo, San Lorenzo, Arsenal de Sarandí, Rosario Central, Tigre, Gimnasia y Esgrima La Plata, Huracán y Boca Juniors en el fútbol argentino. Además, tuvo una breve experiencia en el Al-Ahli de Arabia Saudita.
La frase de Gustavo Alfaro luego de quedar afuera en el Mundial
"Necesito tiempo para saber qué voy a hacer de mi carrera profesional, qué decisiones voy a tomar. Creo que no es momento para analizarla, en un momento habíamos hablado con la federación y quedamos en juntarnos después de la Copa del Mundo para darnos las gracias, para ver qué hacemos y qué no hacemos", dijo Alfaro tras el partido ante Senegal en el que Ecuador se despidió del torneo.
Además, el entrenador agregó: "Me parece que lo más prudente no es pronunciarme en este momento porque estoy embargado del dolor que tenemos todos por esta eliminación. Me parece que las cosas hay que analizarlas y hay que pensarlas con claridad, más allá que estas cosas las venía madurando desde hace tiempo".