Después de un largo tiempo, Facundo Roncaglia volvió a Boca Juniors. Con 35 años, el jugador volvió al club que lo vio nacer y, junto a la llegada de Martín Payero, es una de las contrataciones más importantes del mercado para el conjunto xeneize. Además, recordó una insólita situación que le tocó vivir cuando Daniel Angelici era el presidente del club: "Me fui con bronca".
El último partido del marcador de punta por derecha y zaguero central en su primera etapa con la camiseta azul y oro fue en el 2012, en la primera final de la Copa Libertadores de América que Boca. En aquel entonces, el jugador de Boca era dirigido por Julio César Falcioni y el partido había salido 1 a 1 frente al Corinthians. Incluso fue autor del gol de su equipo, que luego cayó en la vuelta (0-2) en San Pablo, Brasil. Roncaglia no pudo jugar el segundo partido -y se marchó en medio del duelo- porque Boca el contrato de él era hasta el 30 de junio de 2012, pero como la segunda final fue el 4 de julio, no pudo firmar planilla.
Lo insólito de la situación es que existía una manera de hacerlo. La dirigencia de Boca de aquel entonces, que tenía a Daniel Angelici como presidente, se negó a abonar un seguro para que el jugador pueda estar. Bajo esta condición, el futbolista no pudo presentarse al partido clave y el exmandatario le sacó una oportunidad al jugador y un defensor clave al equipo que buscaba la Copa Libertadores. Ahora, en su retorno, Roncaglia indicó: "Sueño con lo que sueña toda la gente que es hincha de Boca, la Copa Libertadores. Me fui con bronca porque no me han permitido jugar la segunda final de 2012, pero ya está".
Luego, pasó a Fiorentina de Italia por 500 mil euros, con el pase en su poder, donde estuvo hasta el 2016 y, después, comenzó un periplo por otras entidades como el Genoa (Italia), emigró a España para desempeñarse en Celta de Vigo, Valencia, Osasuna y, más tarde, recayó en el Aris de Limassol.