Después de una polémica atroz con la FIFA, finalmente se dio marcha atrás con la decisión de darle de baja a los títulos en Boca Juniors en el 2000 y 2003. La polémica apareció cuando la entidad haya borrado los títulos de Boca porque las intercontinentales eran contadas como si hubiese sido campeón del mundo.
En 2000 comenzó el Mundial de Clubes con una final en donde el Corinthians de Brasil le ganó a su par, Vasco da Gama. Pero, en ese mismo año el "Xeneize" superó por 2-1 al Real Madrid en una final que, pareció ser, inválida para la organización, la cual, en un principio, le dio el título mundial al equipo brasileño. Boca volvió a ganar otra Intercontinental en el año 2003, después de derrotar al AC Milan por penales tras el 1-1 disputado durante los 120 minutos de juego. Esto tampoco había sido reconocido por la organización, la cual aseguró que la segunda edición del Mundial de Clubes fue en 2005.
Si bien los dos trofeos conquistados por el "Xeneize" son oficiales y cuentan como título internacional, en un inicio la FIFA consideró que el club de La Ribera no fue campeón del mundo. Aun así, tras el revuelo generado en redes sociales, la organización actualizó la nota publicada y detalló que en el 2000 el Corinthians fue campeón del Mundial de Clubes, mientras que Boca conquistó la Copa Intercontinental. En cuanto a el trofeo obtenido en 2004, el "Xeneize" figura como el único equipo campeón del mundo.
La lista completa de clubes campeones del mundo
1960: Real Madrid (ESP).
1961: Peñarol (URU).
1962: Santos (BRA).
1963: Santos (BRA).
1964: Inter de Milán (ITA).
1965: Inter de Milán (ITA).
1966: Peñarol (URU).
1967: Racing Club (ARG).
1968: Estudiantes (ARG).
1969: AC Milan (ITA).
1970: Feyenoord (PB).
1971: Nacional (URU).
1972: Ajax (PB).
1973: Independiente (ARG).
1974: Atlético de Madrid (ESP).
1975: No hubo (no se disputó el partido entre el Bayern de Múnich (ALE) y el Independiente (ARG)).
1976: Bayern de Múnich (ALE).
1977: Boca Juniors (ARG).
1978: No hubo (no se disputó el partido entre el Boca Juniors (ARG) y el Liverpool (ING).
1979: Olimpia (PAR).
1980: Nacional (URU).
1981: Flamengo (BRA).
1982: Peñarol (URU).
1983: Grêmio (BRA).
1984: Independiente (ARG).
1985: Juventus (ITA).
1986: River Plate (ARG).
1987: Porto (POR).
1988: Nacional (URU).
1989: AC Milan (ITA).
1990: AC Milan (ITA).
1991: Estrella Roja (YUG).
1992: São Paulo (BRA).
1993: São Paulo (BRA).
1994: Vélez Sarsfield (ARG).
1995: Ajax (PB).
1996: Juventus (ITA).
1997: Borussia Dortmund (ALE).
1998: Real Madrid (ESP).
1999: Manchester United (ING).
2000: Corinthians (BRA) - Ganador del Mundial de Clubes.
2000: Boca Juniors (ARG) - Ganador de la Copa Intercontinental.
2001: Bayern Munich (ALE).
2002: Real Madrid (ESP).
2003: Boca Juniors (ARG).
2004: Porto.
2005: São Paulo (BRA).
2006: Internacional (BRA).
2007: AC Milan (ITA).
2008: Manchester United (ING).
2009: Barcelona (ESP).
2010: Inter de Milán (ITA).
2011: Barcelona (ESP).
2012: Corinthians (BRA).
2013: Bayern de Múnich (ALE).
2014: Real Madrid (ESP).
2015: Barcelona (ESP).
2016: Real Madrid (ESP).
2017: Real Madrid (ESP).
2018: Real Madrid (ESP).
2019: Liverpool (ING).
2020: Bayern de Múnich (ALE).
2021: Chelsea (ING).
2022: Real Madrid (ESP).
2023: Manchester City (ING) .
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